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El formato ideal para los Kindle es ".mobi". Utiliza cualquier conversor online gratuito para pasar de otros
formatos a mobi:

http://www.all2ebook.com.

Internamente usa el Calibre y son razonablemente más rápidas las conversiones que en tu máquina.
Es sencillo de usar.

Yo utilizo un conversor Online gratuito que transforma doc, docx, pdf directamente a epub: http://www.all2ebook.com . También tiene prensa y revistas para descargar. Internamente creo que utiliza el Calibre porque sale en la portada de los libros, y te evita tener que pasar de doc a pdf.

Creo que ha salido una página que pretende resolver tu problema. http://www.all2ebook.com aunque de momento no lo hace, aparece como próximamente, lo probé y sigue saliendo la cabecera por cada página. Admite doc, cosa que el Calibre no. También echo en falta el formato cbr para comics.

Si lo que interesa es hacer una conversión de manera sencilla y rápida, yo utilizaría
cualquiero conversor online como p.e http://www.all2ebook.com

Existen también conversores online para transformar formatos doc, docs, y odt a epub o mobi.
Como sabéis Calibre no admite ficheros provenientes de Microsoft Word. Yo en estos casos
utilizo algún conversor online como p.e http://www.all2ebook.com

Lo más cómido y rápido es utilizar un conversor online.
Existen varios, yo utlizo por su sencillez http://www.all2ebook.com.